وادّعت المحكمة، أن السبب الكامن وراء قرارها هو عدم اختصاصها بهذا النوع من القضايا، قائلةً إنها تمارس حقها في إحالة المتهمين للقضاء العسكري بنص المادة الثانية من القرار (رقم 136) لسنة 2014 الذي شرّع محاكمة المواطنين المدنيين أمام محاكم عسكرية.

ويعد قرار المحكمة المصرية سابقة أولى لتنفيذ إحالة ما تسمى بـ "قضايا الإرهاب والتعدي على المنشآت الحكومية" إلى القضاء العسكري، وهو الأحدث في محاولات السلطة قمع الحراك الطلابي.

وكانت النيابة العامة قد أسندت إلى طلبة الأزهر مجموعة من الاتهامات، من بينها التجمهر وإثارة الشغب والتلويح بالعنف واستعراض القوة وحمل زجاجات حارقة ومنع الموظفين بجامعة الأزهر من أداء وظيفتهم، فضلاً عن الإتلاف العمدي لكنترول كلية الهندسة بالجامعة وإحراقه بواسطة مواد حارقة مطلع العام الجاري.